在三周目开始时，玩家需要前往大木博士处将图鉴升级为386版，这是开启三岛任务的前提条件。随后通过坐船前往火焰山，进入右侧山洞使用怪力技能推动石头获取红宝石，返回博士处交付后可获得船票，便能解锁前往7个岛屿的权限。这一阶段的核心目标是收集关键道具并推进主线剧情，岛屿之间的移动需依赖船票和特定剧情触发。
前往4号岛后需与商店旁屋内NPC对话，接着进入右侧冰洞，注意冰面滑动机制会影响移动路径。在洞内击败火箭队成员后获得登瀑布技能，于岛屿瀑布处使用该技能可找到冰天王，战胜后取得通行口令。5号岛需使用冲浪技能向左上角移动，与特定NPC互动获得波克比的蛋，继续前进至小岛山洞收集5个道具后触发剧情，被女孩带回家后解锁6号岛访问权限。
6号岛需用居合斩打开南边门禁，进入后完成剧情获取蓝宝石，返回博士处上交以修复机器。7号岛南部可遭遇安侬，之后返回华蓝市左侧山洞深处捕捉超梦。8号岛山洞内可收服凤凰与洛奇亚，而9号岛则需解谜触发迪奥西斯出现。各岛屿任务存在逻辑顺序，道具获取与技能使用需严格遵循游戏机制。
三岛任务包含多个隐藏要素，如在特定草丛可能遭遇稀有精灵，但出现概率较低需要耐心探索。任务流程中需注意部分场景存在战斗强制触发机制，建议提前准备充足的治疗道具。岛屿间的往返需通过特定码头完成，部分剧情完成后会永久改变地图可访问区域。
最终阶段需返回初始岛屿完成剧情闭环，所有传说宝可梦捕捉点均已解锁。任务整体难度呈阶梯式上升，后期岛屿对队伍等级和技能搭配有较高要求。关键NPC对话内容会直接影响任务推进方向，建议仔细阅读所有对话选项。
