开启二周目，首先得确保你已经通关了一周目，也就是击败了四大天王和冠军。通关后，系统会自动存档，这时候重新读取存档，你就会发现自己站在家门口，大木博士会主动来找你。如果他没出现，别着急，先去检查一下你的图鉴收集情况。如果你的图鉴已经收录了至少60种宝可梦，大木博士会帮你升级到全国图鉴模式，这是开启二周目的关键一步。
你需要前往枯叶市的码头，乘坐船只前往一之岛。在一之岛的精灵中心，你会遇到一个NPC，他会告诉你机器需要红宝石才能修复。这时候你需要前往灯火山，在右边的洞穴里会遇到两个火箭队的残党，击败他们后进入洞穴深处，找到红宝石。拿到红宝石后，回去交给NPC，他会给你彩虹通行证，这样你就能自由穿梭于七岛之间了。
拿到彩虹通行证后，继续探索七岛的任务。在四之岛，你会遇到小茂，但他不会和你战斗。接着前往科拿的家，在右侧的冰洞中会遇到火箭队，帮助科拿击败他们后，他们会透露下一个目标是五岛。到了五岛后，向右走会发现火箭队的仓库，但需要密码才能进入。这时候你需要去六之岛，在标记森林深处找到蓝宝石，但会被NPC抢走，同时他会留下火箭队仓库的密码。
带着密码回到五岛的火箭队仓库，击败里面的NPC夺回蓝宝石。回到一之岛的精灵中心，将蓝宝石交给NPC，机器就能正常运作了。这时候二周目的主线任务基本完成，你可以继续探索七岛的其他区域，比如训练师之塔和华蓝洞窟，挑战更强大的对手和捕捉传说中的宝可梦。
整个二周目的流程比一周目更加自由，你可以按照自己的节奏探索，不用担心错过什么。只要记得多和NPC对话，留意地图上的提示，很快就能体验到二周目的全部内容。
